Construite en 1941 par l'abbé Palménas Georges, la présente église est la troisième de Saint-Paul-de-l'Île-aux-Noix. Les deux précédentes furent la chapelle provisoire, inaugurée au début de septembre1898, et l'église de 1900-1901, construite par le curé fondateur, l'abbé Alphonse Mandeville. Il faut noter qu'avant la fondation de Saint-Paul-de-l'Île-aux-Noix, Saint-Valentin regroupait le territoire actuel de Saint-Paul-de-l'Île-aux-Noix et de Saint-Valentin. La toute première chapelle de l’ancien Saint-Valentin fut construite en 1825. Une nouvelle église y fut érigée en 1855. Elle fut détruite par un incendie le 17 mars 1898. Après l'incendie qui détruisit l'église de Saint-Valentin, le 17 mars 1898, les gens de Stottsville (Saint-Valentin actuel) demandèrent que l'église soit reconstruite chez eux à l’intérieur des terres (elle se situait auparavant près du Richelieu). Les habitants de Stottsville avaient de solides arguments : le chemin de fer passait chez eux et les trains s’y arrêtaient. Par ailleurs, il n'y avait plus de soldats à l'Île-aux-Noix : le curé ne recevait donc plus la rétribution du gouvernement, qui lui était auparavant octroyée pour les services qu’il dispensait aux militaires en poste au Fort-Lennox. Le docteur Néré-Avila Hébert écrivit une lettre à l'archevêque pour tenter de le convaincre de reconstruire l'église sur le site incendié. Le 16 mai 1898, alors que Monseigneur Bruchési se trouvait en visite au presbytère de Saint-Jean, une cinquantaine de paroissiens du village de Saint-Valentin allèrent le rencontrer pour lui demander la division de la paroisse, nombreuses signatures à l’appui. Les paroissiens s'engageaient, en échange, à reconstruire l'église sur le site incendié et à faire vivre le curé qui y serait assigné. La demande fut prise en considération par Monseigneur Bruchési. D'autres représentations en vue de la séparation furent faites, dont une requête officielle, en date du 21 juin 1898. Lors d'une rencontre de l'archevêque avec une délégation de Stottsville, la décision fut prise. « Le seul moyen, leur dit Monseigneur Bruchési, de réconcilier les esprits et de rendre justice à tous réside dans la construction d'une église à Stottsville. Et si les gens de Saint-Valentin souhaitent le démembrement de la paroisse, j'aimerais que la population de Stottsville donne sa parole de ne pas s'opposer au règlement des difficultés. » Le décret épiscopal fixant le site de la nouvelle église à construire fut signé le 30 juin 1898