Sous le régime français, les R.R. PP. Jésuites possédaient les seigneuries suivantes : Notre-Dame-des-Anges (concédée par le duc de Ventadour, le 10 mars 1626), l'Île aux Ruaux (1638), Saint-Gabriel (concédée par Robert Giffard et Marie Renouard, le 2 novembre 1667), Bélair (achats successifs), Sillery (accordée par de Callières et Bochart Champigny le 23 octobre 1699), Batiscan (donation de Jacques de la Ferté en 1639), Cap-de-la-Madeleine (donation de Jacques de la Ferté en 1651), banlieue de Trois-Rivières (concédée par le roi le 12 mai 1678), l'Île de Saint-Christophe (concédée par le gouverneur Lauzon le 20 octobre 1654), Pachirini (concédée par le gouverneur Montmagny à l'Améridien Pachirini, ultérieurement récupérée par les Jésuites) et Laprairie-de-la-Madeleine (concédée par François de Lauzon le 1er avril 1647). Ils avaient également en franc alleu, en roture et en arrière fief les domaines suivants : La Vacherie (concédée par Jean de Lauzon en 1652), un terrain à Saint-Nicolas (reçu du Séminaire de Québec en 1739), des terrains à Pointe Lévy (concédés par le gouverneur Montmagny en 1648), un terrain à Tadoussac (concédé par le gouverneur Lauzon en 1656), quelques terrains à Montréal (achetés en 1692 de Jean Vincent Philippe de Hautmesny), des terrains situés près de la rivière Miamis (concédés par le Roi en 1686) et des terrains dans la ville de Québec (acquis à partir de 1637). Au moment de la conquête les Jésuites possédaient donc environ une douzaine de seigneuries et autres terrains, totalisant près d'un million d'arpents (880 705) soit le huitième de toutes les concessions accordées et près de la moitié des possessions foncières du clergé catholique dans la province (2 106 039). Après le Conquête, le traité de Paris (1763) leur garantissait la jouissance de leurs biens considérés comme ecclésiastiques. En 1773, le pape Clément XIV supprimait la Compagnie de Jésus (Jésuites) ce qui causa une controverse concernant leurs droits à leurs propriétés foncières. Entre temps, en 1770, lord Amherst avait obtenu du roi Georges III qu'il lui concède la propriété de ces biens. La difficulté était d'en faire une énumération précise et le procureur général d'Angleterre se trouvait dans l'impossibilité de dresser un inventaire satisfaisant. De plus, les canadiens espéraient obtenir que ces biens servissent à l'instruction de la jeunesse et étaient peu enclins à collaborer. Les choses traînèrent en longueur et Amherst renouvela sa demande de hâter les procédures à plusieurs reprises (1770, 1771, 1786 et 1791). Finalement il mourut sans être arrivé à ses fins. En 1787 le gouverneur Dorchester avait bien nommé une commission mais elle ne pouvait faire rapport qu'après la production des titres officiels. En 1798 le neveu et héritier de lord Amherst renouvelait la demande de son oncle et ce n'est qu'en 1803 que la Chambre substitua à cette concession royale une annuité de 3000 livres à être versée aux héritiers de lord Amherst. (Statut 43, George III chap. 159). En 1800, suite à la mort du dernier Jésuite, le gouverneur britannique prenait le contrôle des biens des Jésuites et créait une commission chargée de l'administration de ceux-ci. Entre temps, le gouvernement de Sa Majesté avait promis de fournir des écoles et projetait la vente de certains terrains de la Couronne pour leur financement. Comme une grande partie des biens des Jésuites avait été employés pour l'éducation durant le régime français, les canadiens s'attendaient à ce que le gouvernement les utilise à ces fins. En 1801, le gouvernement créait les écoles royales mais cela voilait une centralisation par l'État et une laïcisation qui furent boudées par les catholiques. Par la suite on réalisa que les biens des Jésuites s'avéraient la seule alternative alors possible au problème du financement scolaire. Les partisans de cette option trouvèrent un allié dans le lieutenant gouverneur Milnes jusqu'à son départ en 1805. Cependant après cette date le gouverneur Craig exerça un certain "lobbying" à Londres pour obtenir la permission d'utiliser les revenus des biens des Jésuites afin d'assurer une certaine indépendance financière du gouvernement vis à vis de la Chambre d'Assemblée. En 1812, celle-ci renouvela la demande auprès du gouvernement de Sa Majesté d'utiliser les fonds des revenus tirés des biens des Jésuites pour l'éducation. En 1819, la controverse fut vive entre francophones et anglophones lorsque finalement Londres ordonna d'utiliser ces fonds pour commencer la construction du collège Mc Gill à Montréal. De 1820 à 1830, la Chambre d'Assemblée répéta ses efforts pour obtenir satisfaction. Éclata à cette époque le scandale de la défalcation des deniers publics au profit des entreprises personnelles du receveur général John Caldwell et de son père Henry Caldwell, son prédécesseur à ce poste. Le montant total de la défalcation frauduleuse s'élevait à près de 100,000 livres tournois et dans ce montant était inclue une somme de 8,000 livres que Henry Caldwell avait détournée de sa destination légale alors qu'il était aussi trésorier de la Commission pour l'administration des biens des Jésuites (1812). Également, la Chambre d'Assemblée trouva un opposant farouche en la personne du gouverneur Dalhousie et c'est en vain que Louis Joseph Papineau tenta en tant que porte-parole de l'Assemblée d'obtenir un changement d'attitude de la part de l'administration. La question de l'utilisation des biens des Jésuites pour fin de l'éducation fit l'objet de la seizième résolution des réclamations de l'Assemblée en 1829. En 1830 Londres reconnut le principe de l'utilisation future des biens des Jésuites pour les fins exclusives de l'éducation et rendit publics les états des comptes sur les revenus des biens des Jésuites. La Chambre obtient en 1832 la création d'un fonds réservé exclusivement pour l'éducation à même les revenus des biens des Jésuites et le droit exclusif de la légifération future concernant l'usage de ces argents. Ayant donc obtenu le contrôle des biens des Jésuites en 1832, le Chambre d'Assemblée se heurta à différentes difficultés qui soulevaient depuis longtemps le mécontentement public. D'abord le collège des Jésuites de Québec était occupé par les troupes royales depuis 1800 et c'est en vain que les députés réclamaient la restitution des lieux. Ensuite la question des forges de St-Maurice à Trois-Rivières, louées depuis 40 ans à Mattews Bell, fut l'objet de vives controverses, le gouverneur lui ayant concédé un nouveau bail et accordé des réserves forestières à même les domaines des biens des Jésuites de Trois-Rivières. Enfin John Stewart, commissaire des biens des Jésuites depuis 1826, fut accusé de négligence et de favoritisme par la Chambre d'Assemblée. À la suite aux événements de 1837-1838, on créa un Conseil spécial pour légiférer dans le Bas-Canada et lord Durham arriva au pays investi de pouvoirs discrétionnaires. Lord Durham émit l'opinion que le gouvernement impérial n'aurait jamais dû soustraire les biens des Jésuites de leur utilisation première pour l'éducation et que la querelle avec la Chambre d'Assemblée à ce sujet était vaine. Le rapport Buller reformula cette critique en faisant ressortir le mauvais usage fait par le gouvernement des argents accumulés dans le fonds des recettes des biens des Jésuites donnant ainsi raison à la Chambre d'Assemblée concernant ces griefs. Sous le gouvernement de l'Union, en 1840, la question des biens des Jésuites fut encore débattue et on s'attarda notamment à résoudre le problème des réserves forestières accaparées par le bail des forges St-Maurice. En 1846 la législature vota l'usage exclusif des biens des Jésuites pour les fins de l'éducation dans ce qui avait été le Bas-Canada. On passa aussi un acte par lequel on permettait la commutation des biens roturiers en tenure de libre et commun soccage (franc alleu) moyennant le paiement de certains frais et la création d'une rente constituée. Les argents ainsi recueillis en provenance des biens des Jésuites devaient être placés dans un fonds indépendant. En 1845 certains citoyens produisirent un mémoire demandant l'usage exclusif des biens des Jésuites par les catholiques. Du côté protestant le révérend A. Rankin publia 14 lettres dans la gazette de Sherbrooke pour combattre cette thèse. Les catholiques répliquèrent par des demandes spécifiques et immédiates pour des missions et des écoles catholiques. C'était le début d'une longue polémique qui se solda en 1888 et 1889 par la satisfaction des catholiques et une violente réaction du côté protestant. Entre temps en 1856 on avait trouvé une solution en votant une loi è l'effet que les revenus des biens des Jésuites soient utilisés pour l'éducation supérieure et sur une base non-partisane. Un tel arrangement, eut-il été final, aurait été de nature à calmer les esprits. Cependant les Jésuites étaient de retour au Canada depuis 1842 et la constitution de la province en 1867 redonnait à ceux-ci l'espoir d'être indemnisés, la majorité des députés étant catholiques et canadiens-français. Le débat sur la question reprit au cours des années qui suivirent la Confédération