Une première enquête sur l’administration financière de l’Hôpital général Fleury inc., sous l’autorité de la Loi sur les commissions d’enquête, portant sur la période terminée le 31 mai 1961, avait révélé que la corporation dirigée par le docteur J.-A. Dionne, son président, était administrée par lui dans son intérêt personnel et qu’il en retirait des profits importants. Dans son rapport, le commissaire avait conclu que « l’administration de l’hôpital devait être retirée des mains de ses administrateurs mais ces derniers loin de démissionner ont continué d’agir d’une façon qui nécessite une seconde enquête ». Le ministre de la Santé ayant été informé que la corporation n’avait pas produit ses états financiers pour l’année 1961 ni son budget pour l’année 1962 comme le requièrent la loi et les règlements de l’assurance-hospitalisation, et que la comptabilité n’était pas régulièrement tenue, ordonne le 26 juillet 1962, en vertu de l’article 16 de la Loi des hôpitaux et sous l’autorité de la Loi des commissions d’enquête, qu’une commission soit instituée pour faire enquête sur l’administration financière de l’Hôpital général Fleury inc. depuis le 1er juin 1961 jusqu’au 31 juillet 1962, et sur toutes les sommes versées au docteur J.-A. Dionne, depuis la même date et la valeur objective de ses services comme directeur médical de l’hôpital en tenant compte de toutes les circonstances, et particulièrement du revenu provenant de ses activités professionnelles. De plus, en vertu de l’article 17 de la Loi des hôpitaux, les pouvoirs du conseil d’administration de l’hôpital sont suspendus et un administrateur est nommé pour exercer les pouvoirs pour la durée de la seconde enquête. Jean Tellier, juge des Sessions de Montréal, est nommé commissaire, Cléophas Guimond, greffier de la Couronne pour le district de Montréal, est nommé secrétaire et François Mercier agit comme avocat-conseil de la Commission. Jean De Grandpré, avocat, et son assistant Alfred Tourigny, représentent le docteur Dionne et l’Hôpital général Fleury inc. Le 22 novembre 1962, un arrêté en conseil ordonne une extension de l’enquête sur l’administration financière de l’Hôpital général Fleury inc. depuis le 1er janvier 1961, et sur toutes les sommes perçues par le docteur J. A. Dionne, de l’hôpital, depuis la même date, sur le fonds de souscription depuis le 1er janvier 1960 jusqu’au 31 juillet 1962, et sur le fonds de construction depuis le 1er janvier 1960 jusqu’au 31 juillet 1962. Les auditions publiques débutent le 3 décembre 1962 et se terminent le 2 avril 1963. À la suite de ces ordonnances, trois des cinq membres du conseil d’administration se disent prêts à démissionner et le docteur Dionne est disposé à retenir les services d’un administrateur qualifié tout en continuant de superviser la construction de l’hôpital jusqu’à la fin des travaux, après quoi il démissionnera du conseil d’administration et ne conservera que sa fonction de directeur médical. Dans le rapport de la seconde enquête, il est établi que les états financiers pour l’année 1961 et le budget pour l’année 1962 pouvaient difficilement être fournis pendant la première enquête, que le docteur Dionne avait « droit au salaire qu’il a retiré et qu’il a montré beaucoup d’esprit d’initiative, de talent et d’habileté ainsi que de dévouement dans la poursuite de son objectif, savoir doter un quartier populeux de Montréal d’un grand hôpital dont il avait sûrement besoin et qu’il y a lieu de profiter de l’expérience du docteur Dionne tout en le désintéressant du point de vue financier personnel ». Le commissaire déclare qu’un hôpital de cette importance est en bonne voie de construction, les travaux étant très avancés, et qu’il est nécessaire pour les besoins d’un district fort populeux. Considérant qu’il a été établi que le docteur Dionne semble avoir agi légalement et que ses intérêts personnels ne seraient plus en jeu si les procédures étaient réglées, il est décidé, dans l’intérêt public, de rescinder les arrêtés en conseil 1223 et 1224 et d’ordonner le règlement des procédures devant les tribunaux, d’autoriser la corporation à régler les jugements et à retirer les procédures en annulation et en opposition à jugement, le tout pour agir en conformité des conclusions du commissaire Tellier