Dès 1902, les discussions s'engagent entre les méthodistes et les presbytériens afin de réunir leurs groupes. Les congrégationalistes, le groupe le moins important, viennent les rejoindre rapidement. Les nouveaux colons du Canada, qui arrivent entre 1900 et 1915, viennent grossir toutes les dénominations religieuses sauf les presbytériens qui recrutent leurs membres parmi les anciens écossais et irlandais protestants déjà présents au pays. En 1912, chaque congrégation vote pour vérifier la volonté de ses membres relativement à l'intégration des trois communautés au sein de l'Église unie du Canada. Les méthodistes et les congrégationalistes sont totalement d'accord à l'unification mais le tiers des presbytériens, parmi les plus riches et importants, ne veut pas entendre parler d'une nouvelle église. En 1917, les discussions vers l'unification des trois dénominations protestantes s'intensifient. En 1921, l'assemblée générale des presbytériens demande qu'une loi fédérale, entérinée par les assemblées provinciales, soit votée à la Chambre des Communes. En avril 1925, cette loi est sanctionnée au fédéral ainsi que dans chaque législature provinciale. Le 10 juin 1925, l'Église unie du Canada célèbre, à Toronto, en grande pompe, sa création. Par contre, plus du tiers des presbytériens ne se joint pas à la nouvelle église et conserve les deux plus importants collèges religieux protestants du pays, soit ceux de Montréal et Toronto. En 1924, les congrégationalistes comptent 12 486 membres, les méthodistes 418 352 et les presbytériens 379 762. En 1925, il y a 600 522 membres de l'Église unie du Canada et 154 243 presbytériens. La crise d'identité du début de la nouvelle église fait que les presbytériens seront 172 518 en 1928. L'Église unie du Canada conserve des presbytériens sa structure formée d'un modérateur, du conseil général, des consistoires et des congrégations. La tradition wesleyenne des méthodistes est abandonnée sauf les synodes des conférences régionales. Les congrégationalistes ont fait accepter leur désir d'indépendance des communautés face à l'autorité dirigeante des pasteurs. Au début il y a 11 conférences régionales et 114 presbytères qui regroupent les communautés locales. Les débuts sont difficiles. L'adaptation des membres des trois dénominations différentes ne se fait pas sans heurts. Après 5 années d'existence, la crise économique frappe durement l'église nouvelle. Son rapide développement dans l'ouest et le grand-nord canadien devient un poids économique important. Les communautés éloignées des grandes villes ne suffisent plus à faire leurs frais. En 1940, la dette du fonds de pension est de 1 700 000$. Les autres activités de l'église sont en aussi mauvaise posture. Si, en 1925, il y a un surplus de ministres parce que les ministes presbytériens adhèrent à l'Église unie du Canada mais pas leurs ouailles, en 1940, l'Église unie manque de ministres qui souvent contribuent à l'effort de guerre. Les laïcs suppléent au service religieux. Vers 1960, les ministres sont tous issus de l'Église unie du Canada et n'ont plus d'attaches avec l'une ou l'autre des trois communautés religieuses fondatrices. En 1965, l'Église unie du Canada connaît son apogée avec 1 064 033 membres. Lors du recencement de 1971, il y a 907 226 membres et la diminution continue encore. En 1972, après quelques années de discussions, un projet d'union de l'Église unie du Canada et de l'Église anglicane du Canada est publié. Pratiquement toutes les grandes religions chrétiennes participent aux discussions. L'unification en une seule grande église chrétienne protestante est encore à réaliser