En 1869, tout le secteur de l'agriculture relève du Département de l'agriculture et des travaux publics qui est en outre responsable de la colonisation, de l'immigration et de l'émigration. Ce Département prend la relève du Bureau de l'agriculture créé en 1852, et s'occupe des sociétés et cercles agricoles, des collèges et écoles d'agriculture, de même que de la Chambre des arts et manufactures. Il est aidé dans son action par le Conseil d'agriculture de la province de Québec. Une première modification des structures existantes survient en 1887, quand agriculture et colonisation se détachent des Travaux publics pour devenir un ministère autonome. Pour l'essentiel, cependant, ce nouveau ministère conserve les mêmes responsabilités qu'en 1869. En 1897, par contre, les changements sont les plus substantiels. Un Département de la colonisation et des mines est créé et c'est lui désormais qui s'occupe de l'émigration et de l'immigration, tandis que l'agriculture devient l'unique préoccupation du Département de l'agriculture. Il en sera d'ailleurs ainsi jusqu'en 1962, sauf de 1912 à 1922, années pendant lesquelles le Département de la voirie est rattaché au Département de l'agriculture. Pendant ces soixante années, le Département de l'agriculture connait une forte expansion, multipliant ses services au rythme du développement industriel et des progrès des sciences et techniques agricoles. Ainsi, dès 1925 on y retrouve une dizaine de services, entre autres ceux de l'industrie laitière, de l'horticulture, de l'aviculture, de l'apiculture, des publications, de la surproduction, des grandes cultures, des agronomes, de l'économie domestique et de l'élevage. À ces services s'ajoutent, au fil des ans, une multitude d'organismes: l'Office du crédit agricole du Québec (1936), l'Office du drainage (1943), la Raffinerie de sucre du Québec (1943), l'Office de l'électrification rurale (1945) et la Commission de l'industrie laitière (1948). Entre 1962 et 1973, l'agriculture et la colonisation sont à nouveau réunies sous un même ministère, qui de plus en plus, tend à une rationalisation et à un regroupement de ses divers services autour de trois pôles: la vulgarisation, la recherche et l'enseignement ainsi que l'aménagement agricole. Durant cette période, d'autres organismes voient le jour, comme la Régie des marchés agricoles et la Régie de l'assurance-récolte. En 1968, l'École de médecine vétérinaire de Saint-Hyacinthe passe sous la responsabilité de l'Université de Montréal. Au tournant des années 1970, le Ministère de l'agriculture, ainsi désigné depuis 1973, oriente résolument son action, jusque-là axée sur la production, vers la transformation, la mise en marché et la commercialisation des produits agricoles. C'est dans cet esprit qu'est créée la Société québécoise d'initiatives agro-alimentaires (SOQUIA) en 1975. Cette orientation est définitivement confirmée par la création, en 1979, du ministère de l'Agriculture, des pêcheries et de l'alimentation, le secteur des pêcheries relevant auparavant du ministère de l'Industrie et commerce. (Archives nationales du Québec. - Guide des archives écrites d'origine gouvernementale conservées au Centre d'archives de Québec et de Chaudière-Appalaches. - Québec: Les publications du Québec, 1992, p. 4)