En 1869, tout le secteur de l'agriculture relève du Département de l'agriculture et des travaux publics qui est, en outre, responsable de la colonisation, de l'immigration de l'émigration. Ce département prend la relève du Bureau de l'agriculture créé en 1852, et s'occupe des sociétés et cercles agricoles, des collèges et écoles d'agriculture, de même que de la Chambre des arts et manufactures. Il est aidé dans son action par le Conseil d'agriculture de la province de Québec. Une première modification des structures existantes survient en 1887, quand Agriculture et Colonisation se détache des Travaux publics pour devenir un ministère autonome. Pour l'essentiel, cependant, ce nouveau Ministère conserve les mêmes responsabilités qu'en 1869. En 1897, par contre, les changements sont plus substantiels. Un département de la colonisation et des mines est créé et c'est lui désormais qui s'occupe aussi de l'émigration et de l'immigration, tandis que l'agriculture devient l'unique préoccupation du Département de l'agriculture. Il en sera d'ailleurs ainsi jusqu'en 1962, sauf de 1912 à 1922, années où le Département de la voirie est rattaché à l'agriculture. Pendant ces soixante années donc, le Département de l'agriculture va connaître une forte expansion, multipliant ses services au rythme du développement industriel et des progrès des sciences et techniques agricoles. Ainsi, dès 1925, on y retrouve une dizaine de services, soit ceux de l'industrie laitière, de l'horticulture, de l'aviculture, de l'apiculture, des publications, de la surproduction, des grandes cultures, des agronomes, de l'économie domestique et de l'élevage. À ces services, s'ajoute aussi au fil des ans une multitude d'organismes: l'Office du crédit agricole du Québec (1936), l'Office du drainage (1943), la Raffinerie de sucre du Québec (1943), l'Office de l'électrification rurale (1945) et la Commission de l'industrie laitière (1948). Entre 1962 et 1973, l'agriculture et la colonisation sont de nouveau réunies sous un même ministère, qui de plus en plus tend à une rationalisation et à un regroupement de ses divers services autour de trois pôles: la vulgarisation, la recherche et l'enseignement et l'aménagement agricole. Durant cette période, d'autres organismes voient aussi le jour, comme la Régie des marchés agricoles et la Régie de l'assurance-récolte, alors qu'en 1968 l'École de médecine vétérinaire de Saint-Hyacinthe passe sous la responsabilité de l'Université de Montréal. Au tournant des années 1970, le ministère de l'Agriculture, ainsi désigné depuis 1973, oriente résolument son action, jusque-là axée sur la production, vers la transformation, la mise en marché et la commercialisation des produits agricoles. C'est dans cet esprit qu'est créée la Société québécoise d'initiatives agro-alimentaires (SOQUIA) en 1975. Cette orientation est définitivement confirmée par la création en 1979, du ministère de l'Agriculture, des Pêcheries et de l'Alimentation, le secteur des pêcheries relevant auparavant du ministère de l'Industrie et du Commerce. (Archives nationales du Québec. - Guide des archives écrites d'origine gouvernementale conservées au Centre d'archives de Québec et de Chaudières-Appalaches - Québec : Les publications du Québec, 1992, p. 4)